Важным источником поступления внебюджетных средств в ТПУ являются хоздоговорные работы с государственными и негосударственными промышленными предприятиями и другими коммерческими и некоммерческими структурами. Университет имеет устойчивые партнерские связи с институтами академии наук, отраслевыми институтами, а также с субъектами реального сектора экономики. Это позволило с начала 2017 года заключить 222 хозяйственных договоров и зарубежных контрактов на сумму более 640 млн.руб. С начала 2017 года в ТПУ поступило  более 300 млн.руб.  по 585 хозяйственных договорам и зарубежным контрактам.

Ежегодно в ТПУ заключаются около 500 договоров, для облегчения заключения их введен в эксплуатацию  модуль информационно-программного комплекса «Хоздоговоры» для электронного заключения хозяйственных договоров с юридическими лицами и контроля за эффективным их выполнением.

Основные заказчики хоздоговоров и зарубежных контрактов: АО «“Информационные спутниковые системы” им. академика М.Ф. Решетнёва», ОАО «РКК “Энергия” им. С.П. Королева», АО «ВНИИНМ им. академика А.А. Бочвара», АО АЭХК, ООО «Газпром трансгаз Томск», АО «Ванкорнефть», АО «Транснефть – Центральная Сибирь», ОАО «НК Роснефть», НТЦ ФСК ЕЭС, ПАО НПО Сатурн, Фонд Перспективных Исследований, ОАО «ТомскНИПИнефть», JME Ltd. (Великобритания), DSO National Laboratories (Сингапур), ITAC Ltd. (Япония) Green Future Research Co.Ltd. (Иран) и др.

Крупные контракты, заключенные ТПУ в 2017 году с российскими и международными высокотехнологичными компаниями:

  • Договор подряда на изготовление и поставку радиоизотопной продукции;

  • Разработка, изготовление и поставка лабораторной установки для генерации микроволновых импульсов;

  • Выполнение НИОКР по созданию программно-аппаратного комплекса проектирования, оптимизации и управления выводом из эксплуатации российских и зарубежных объектов использования атомной энергии

  • Разработка эффективной технологии реконверсии обедненного гексафторида урана;

  • Разработка интеллектуального датчика дифференциального давления с улучшенными метрологическими и эксплуатационными характеристиками для серийного освоения комплекса новых приборов стратегических отраслей РФ;

  • Разработка программного модуля фабрикации/рефабрикации, валидация модуля процессов фабрикации/рефабрикации КОД ТП. Формирование базы данных для проведения расчётов экспериментов и исследований по оптимизации технологических схем переделов ЗЯТЦ и формирования требований к оборудованию;

  • Работы по капитальному ремонту объектов тепловодоснабжения для нужд ООО "Газпром трансгаз Томск";

  • Оказание услуг по проведению анализа метрологического обеспечения и потребления ТЭР, разработке мероприятий и целевых показателей эффективности работы оборудования подстанций и линий электропередачи магистральных электрических сетей (МЭС Волги, МЭС Сибири, МЭС Востока);

  • Услуги по верификации данных по электроэнергетическому оборудованию;

  • Изготовление, поставка и монтаж комплекса для радиографии роторов EXLON SMART 160W;

  • Изготовление и поставка малогабаритного бетатрона МИБ-7,5;

  • Выполнение комплексных инженерных изысканий, поисковых работ и проектной документации по объекту ПАО "ВЧНГ": "Северо-Даниловское месторождение. Месторождения общераспространенных полезных ископаемых".

Лидеры по объемам привлеченных средств по х/д и зарубежным контрактам: Крайденко Р.И. (ФТИ), Ливенцов С.Н. (ФТИ), Данейкин Ю.В. (ФТИ), Штейн М.М. (ИНК), Ремнев Г.Е. (ИФВТ), Матвеев А.С. (ЭНИН), Головин А.И. (ЭНИН) и др.